NON, le contrat de commande d'un logiciel à un professionnel n'emporte pas transfert automatique de propriété du logiciel.
Ainsi, le prix payé à l'agence web ne comprend généralement que "les honoraires de conception et de réalisation [du logiciel], mais n'englobent aucun des droits permettant son exploitation commerciale et publique". (Me André R. Bertrand - Dalloz Action Droits d'auteur)
Pour assurer le transfert de propriété du logiciel au client, le contrat de commande doit mentionner expressément chacun des droits cédés. (Art L131-3 Code de la propriété intellectuelle).
En l'absence de cette mention, le logiciel qui vous a été livré n'est pas votre propriété ce alors même que vous avez pu payer le prix fort et que ce logiciel est essentiel à votre activité et la valorisation de votre entreprise.
Conseils : Faites lire (ou rédiger) le contrat de commande par un avocat afin de garantir le transfert de propriété des droits d'auteur sur le logiciel commandé!